Id Perfil

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Perfil del Puesto

Castellano El grupo de Patología Molecular de los Sarcomas y otros Tumores, liderado por Enrique de Álava necesita incorporar un bioinformático cualificado y motivado, que desempeñará un papel crucial en el desarrollo de diferentes proyectos en un entorno colaborativo. El candidato liderará el desarrollo, mantenimiento y ejecución de pipelines de análisis de datos de secuenciación masiva y otras aplicaciones genómicas, en estrecha colaboración con investigadores en biología molecular. Su participación activa en proyectos de investigación con fuerte componente traslacional será esencial para contribuir a la interpretación de las alteraciones genómicas en sarcomas. El candidato ideal deberá tener conocimientos en genómica del cáncer y experiencia en el desarrollo de pipelines bioinformáticos y el análisis integral de diversos conjuntos de datos, incluida la visualización de los mismos. Deberá poseer habilidades analíticas, creatividad, curiosidad, entusiasmo y capacidad de trabajar en equipo. Esta posición, financiada por CIBERONC-ISCIII, ofrece una oportunidad única para que el candidato seleccionado realice una tesis doctoral junto con su rol como bioinformático en el grupo. Este doble rol proporcionará una experiencia de aprendizaje integral y la oportunidad de contribuir a investigaciones de vanguardia en el campo. La contratación se formalizará a jornada completa y con una duración inicial de 1 año, renovable anualmente hasta un máximo de 4 años, por lo que será requisito indispensable no haber sido contratado/a mediante esta modalidad de contrato predoctoral, en la misma o distinta entidad, por un tiempo superior a cuatro años. Para su acreditación, habrá que presentar INFORME DE VIDA LABORAL. Para participar en la convocatoria, deberá aportarse certificado de admisión o al menos, de preadmisión al programa de doctorado, expedido por la unidad responsable de dicho programa, o por la escuela de doctorado o postgrado, siendo causa de exclusión no adjuntarlo junto al resto de la documentación requerida. La formalización contractual quedará supeditada a la aportación del escrito de admisión y de la matrícula del año en curso. El contrato estará vinculado a la línea de investigación: "Validación clínica del sistema basado en NGS para perfeccionar el diagnóstico de sarcomas tipo Ewing". Inglés The Molecular Pathology of Sarcomas and other Tumors group, led by Enrique de Álava, is looking for a highly qualified and motivated bioinformatician to play a crucial role in our collaborative environment. You will be leading molecular testing and research on sarcomas, developing, maintaining and running data analysis pipelines related to next-generation sequencing and other genomics applications in close collaboration with molecular biology researchers. Your active participation in highly translational research will be instrumental in contributing to applications that support the interpretations of genomic alterations in sarcomas. The ideal candidate would have knowledge of cancer genomics and experience in developing bioinformatics pipelines and end-to-end analysis including data visualization of a variety of datasets. She/he should have strong analytical skills, creativity, curiosity, enthusiasm, and the ability to work in a team. This position, financed by the CIBERONC-ISCIII, offers a unique opportunity for the successful candidate to conduct a PhD thesis alongside their role as a bioinformatician. This dual role will provide a comprehensive learning experience and the chance to contribute to cutting-edge research in the field.

Provincia

SEVILLA

Tipo de contrato

Predoctoral Ley de la ciencia

Financiación

Subven.Nom

Jornada completa

Si

Horas semanales

37,50

Salario

30.272,15 €

Categoría Profesional

Titulado Superior

Titulación requerida

GRADO en biología, bioquímica, bioinformática, biotecnología, bioingeniería o relacionados, y MÁSTER en Bioinformática.

Id Perfil

Castellano El/la candidato/a realizará análisis de datos especializados y desarrollará pipelines informáticos para el control de calidad y el análisis integral de grandes conjuntos de datos, incluyendo:

• Implementación, aplicación y evaluación de herramientas bioinformáticas para procesar, integrar, corregir y visualizar conjuntos de datos genómicos: RNA-seq de célula única, bulk RNA-seq, Hi-C (high‐throughput chromosome conformation capture), Optical Genome Mapping (OGM) y paneles clínicos de NGS.
• Identificar las mejores prácticas y herramientas bioinformáticas para las necesidades de los proyectos propuestos.
• Garantizar la integridad y consistencia de los datos primarios, optimizar los métodos experimentales y metadatos, y definir pipelines de análisis estandarizados.
• Incorporar nuevas herramientas y contenidos de manera rápida e independiente (aunque se proporcionará formación para tipos específicos de análisis realizados en el laboratorio).
• Preparación de figuras y secciones escritas de métodos y resultados para manuscritos científicos, presentaciones y memorias de proyectos.
• Participar en el flujo de trabajo rutinario de bioinformática clínica, que incluye el análisis de datos de paneles DNA-seq y RNA-seq para el diagnóstico molecular. Inglés She/he will perform specialized data analysis and build custom data pipelines for quality control and end-to-end analysis of large datasets including:
• Implement, apply, and evaluate tools to process, integrate, batch-correct, and visualize genomics datasets: single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, high‐throughput chromosome conformation capture (Hi-C), Optical Genome Mapping (OGM), and NGS clinical panels.
• Identify best-practice bioinformatics tools and strategies to meet the needs of proposed projects.
• Ensure integrity and consistency of primary data, track experimental methods and metadata, and define standardized analysis pipelines.
• Ability to learn new tools and content quickly and independently (although training will be given for specific types of analysis performed in the lab).
• Provide figures and written sections describing methods and results for manuscripts, presentations, and grant applications.
• Participate in the daily clinical bioinformatics workflow, which includes DNA-seq and RNA-seq panel data analysis.
  
  

Experiencia requerida

Castellano

• Dominio demostrable, mediante cursos y/o trabajos previos, en R y Python, incluyendo paquetes de análisis de datos, visualización y exploración. Se podría proponer una prueba específica durante la entrevista.
• Competencia en el desarrollo de scripts en Linux/Unix (Bash), y uso avanzado de la línea de comandos demostrable con cursos y/o trabajos previos. Se podría proponer una prueba específica durante la entrevista.
• Familiaridad con servidores en la nube o recursos de computación de alto rendimiento.
• Capacidad para generar y personalizar visualizaciones.
• Habilidades organizativas, incluyendo la gestión y priorización de tareas múltiples.
• Habilidades de comunicación e interpersonales, curiosidad científica e interés por aprender. Capacidad para trabajar de manera independiente y dentro de un equipo de investigación colaborativo, y de ajustarse a plazos establecidos.
• Nivel de Inglés B2 o superior, certificado. Inglés
• Demonstrated fluency in R and Python 3, including data analysis, visualization, and exploration packages (courses and/or previous work). A specific test could be proposed during the interview
• Proficiency with Linux/Unix shell scripting (Bash), development of scripts, and advanced use of the command line (courses and/or previous work). A specific test could be proposed during the interview
• Familiarity with cloud servers or high-performance computing resources.
• Ability to generate and customize visualizations.
• Strong organizational skills, including managing and prioritizing multiple competing tasks.
• Good communication and interpersonal skills, and an interest in learning. Ability to work independently and within a collaborative research team and the ability to comply with tight deadlines.
• Fluency in English (at least B2)
  
  

Otros conocimientos

Castellano Deseable

• Experiencia profesional en el campo de la bioinformática.
• Experiencia en genómica del cáncer y la oncología de precisión.
• Experiencia análisis de datos de RNA-seq (bulk y célula única), DNA-seq y HiC.
• Familiaridad con el procesamiento de genotipado/filtrado de variantes.
• Experiencia en el análisis de WGS, WES y paneles de genes.
• Experiencia en el desarrollo de pipelines informáticos.
• Experiencia en Machine learning/deep learning.
• Familiarizado con la computación de alto rendimiento (parallel execution, computational pipelines, workload managers…).
• Experiencia en el desarrollo, generación y uso de software containers, por ejemplo, Github, Docker o Singularity.
• Experiencia en computación en la nube.
• Experiencia con gestión de bases de datos clínicos. Inglés Desirable:
• Professional experience in the field of bioinformatics.
• Experience in cancer genomics and precision oncology.
• Experience with bulk and single-cell RNA-seq, DNA-seq, and HiC datasets.
• Familiarity with processing genotyping/variant calling.
• Experience in the analysis of WGS, WES, and gene panels.
• Experience in pipeline development.
• Machine learning/deep learning.
• Familiarity with high-performance computing (parallel execution, computational pipelines, workload managers…).
• Experience in the development, generation, and use of software containers, e.g., Github, Docker or Singularity.
• Experience in cloud computing
• Experience with management of clinical databases.